福建省農業科學院成立于1960年，是福建省的農牧業綜合科研機構。現設有水稻、果樹、畜牧獸醫、植物保護、土壤肥料、甘蔗、茶葉、作物、農業工程技術、農業經濟與科技信息、農業生態、生物技術、農業生物資源等研究所和中心實驗室、蘑菇菌種研究推廣站等15個研究單位和1個科技干部培訓中心。目前已建有福州國家水稻改良分中心、國家龍眼枇杷資源圃、國家紅萍品種資源圃，2個省級重點實驗室、8個省級工程技術研究中心，有130多公頃實驗場、圃，保存珍貴作物種質資源13000多份。
在職職工1080人，其中：高級專業技術人員313人，中級專業技術人員283人；有中國科學院院士1人、專家5人、省級專家14人、享受特殊津貼76人；有博士（含在讀）81人、碩士179（含在讀）人；有35位科技人員進入國家、省“百千萬人才工程”人選。人事部在我院設立了博士后工作站和引智基地；2005年中國農業科學院研究生院與福建省農業科學院聯合創辦研究生教學實習基地。1978年—2006年，共取得國家、部省級科技獎勵成果319項，其中省部級二等獎以上重大成果74項。
福建省農業科學院堅持以應用研究和開發研究為主，適當開展基礎研究，著力提高科技創新能力，在作物育種、動物疫病防治、畜禽飼料、生物農藥、植物保護、食（藥）用菌、農業生態、臺灣農業等研究具有較強科技力量。在超級稻育種、水稻轉基育種、枇杷龍眼雜交育種、畜禽疫苗、生物農藥、害蟲天敵捕食螨生防技術、歐鰻小瓜蟲血清型研究、鴨出血癥病原學研究、柑桔黃龍病研究、紅萍研究等方面研究居世界先進水平。